Inicialmente é importante relembrar que o MEI é uma PESSOA JURÍDICA. Além disso, ele está sujeito ao SIMEI – Sistema de Recolhimento em Valores Fixos Mensais dos Tributos Abrangidos pelo Simples Nacional. Assim, no caso de atividade de comércio, deverá recolher todo mês a Contribuição Previdenciária de 5% sobre o salário-mínimo e R$ 1,00 a título de ICMS.

Mas em relação ao imposto estadual, se engana quem pensa que acaba por aqui.

Caso o Microempreendedor Individual (MEI) adquira mercadorias de outros estados, salvo em casos de benefícios fiscais, estará sujeito ao ICMS devido a título de antecipação de imposto e de diferencial de alíquotas previstos no inciso VII do art. 1º e no § 14 do art. 42 do RICMS/2002:
Art. 1º O ICMS incide sobre:

VII – a entrada, no território do Estado, em decorrência de operação interestadual, de bem ou mercadoria destinada a uso, consumo ou ativo imobilizado;

Art. 42º…

14. O contribuinte enquadrado como microempresa ou empresa de pequeno porte que adquirir em operação interestadual mercadoria para industrialização, beneficiamento ou acondicionamento não industriais complementares à produção primária, comercialização ou utilização na prestação de serviço, fica obrigado a recolher, a título de antecipação do imposto, o valor correspondente à diferença entre a alíquota interna e a alíquota interestadual.
Lembre-se: o MEI é uma pessoa jurídica sujeita ao Simples Nacional; e, portanto, obedece aos comandos da Lei Complementar nº 123.

Art. 13º…

1o O recolhimento na forma deste artigo não exclui a incidência dos seguintes impostos ou contribuições, devidos na qualidade de contribuinte ou responsável, em relação aos quais será observada a legislação aplicável às demais pessoas jurídicas:
I – Imposto sobre Operações de Crédito, Câmbio e Seguro, ou Relativas a Títulos ou Valores Mobiliários – IOF;

II – Imposto sobre a Importação de Produtos Estrangeiros – II;

III – Imposto sobre a Exportação, para o Exterior, de Produtos Nacionais ou Nacionalizados – IE;

IV – Imposto sobre a Propriedade Territorial Rural – ITR;

V – Imposto de Renda, relativo aos rendimentos ou ganhos líquidos auferidos em aplicações de renda fixa ou variável;

VI – Imposto de Renda relativo aos ganhos de capital auferidos na alienação de bens do ativo permanente;

VII – Contribuição Provisória sobre Movimentação ou Transmissão de Valores e de Créditos e Direitos de Natureza Financeira – CPMF;

VIII – Contribuição para o Fundo de Garantia do Tempo de Serviço – FGTS;

IX – Contribuição para manutenção da Seguridade Social, relativa ao trabalhador;

X – Contribuição para a Seguridade Social, relativa à pessoa do empresário, na qualidade de contribuinte individual;

XI – Imposto de Renda relativo aos pagamentos ou créditos efetuados pela pessoa jurídica a pessoas físicas;

XII – Contribuição para o PIS/Pasep, Cofins e IPI incidentes na importação de bens e serviços;

XIII – ICMS devido:
No caso do ICMS, estão previstos nos itens A, G e H a Substituição Tributária, a Antecipação e o Diferencial de alíquota, respectivamente.

Reforçando isso, a própria Lei Complementar 123 deixa evidente que o MEI estaria isento dos tributos previstos nos incisos I a VI. Nada dizendo a respeito do inciso XIII que trata do ICMS:
Art. 18-A.

VI – sem prejuízo do disposto nos §§ 1o a 3o do art. 13, o MEI terá isenção dos tributos referidos nos incisos I a VI do caput daquele artigo.
Em relação ao ICMS Substituição Tributária, não serão conferidas ao MEI, na vigência da opção pelo Sistema de Recolhimento em Valores Fixos Mensais dos Tributos abrangidos pelo Simples Nacional (SIMEI), atribuições da qualidade de substituto tributário, conforme disposto no inciso V, art. 103º da Resolução CGSN nº 140/2018.

Isso significa que o MEI está dispensado de apurar, destacar e recolher o ICMS ST em suas vendas.

Contudo, nos casos de falta de retenção ou retenção a menor do ICMS/ST pelo alienante ou o remetente, sujeito passivo por substituição; importação ou aquisição em licitação promovida pelo poder público permanece para o MEI a responsabilidade pela apuração e pelo recolhimento do imposto devido a Minas Gerais, o famoso ICMS/ST Entradas.

Essa é mais uma prova de como é importante o empreendedor ter ao seu lado um bom profissional contábil.
Fonte: Contábeis